Malheureusement, la plantation d'arbres ne garantit pas l'assainissement efficace du sol et/ou des eaux souterraines. Le contrôle et la surveillance par les humains sont nécessaires. 

Tout d'abord, la phytoremédiation naturelle dépend du type de plante, mais aussi des micro-organismes présents. Si la décomposition laisse beaucoup à désirer et que des concentrations accrues de contamination sont présentes dans le sol, une phytotoxicité peut se produire, entraînant une mauvaise croissance, une maladie ou même la mort de la plante. 

Si des polluants (huile, BTEX, COV, métaux, cyanures,...) sont absorbés par la plante, ils sont ensuite décomposés en produits inoffensifs et/ou stockés dans les tissus végétaux. 

Deuxièmement, si des composés organiques volatils sont présents, ils peuvent être volatilisés par les feuilles (évapotranspiration). 

Ces deux obstacles peuvent être surmontés en enrichissant les microorganismes associés aux plantes. Les bactéries endophytes, qui vivent naturellement à l'intérieur de la plante, si elles sont "équipées" des mécanismes de décomposition appropriés, aident les plantes à survivre dans des situations où les niveaux de contaminants toxiques sont élevés et augmentent la capacité des plantes utilisées à dégrader ces contaminants et donc à les éliminer de l'environnement. 

L'enrichissement de ces bienfaiteurs dans la plante optimise donc le processus de phytoremédiation.